I 1958 var Manchester United igen med i Europa Cuppen, som de også var året før, som det første engelske hold. På grund af de store afstande, var flyvning den eneste mulighed, selvom United året før i december 1957, næsten havde misset en kamp mod Everton, pga. forsinkelser med flyet. Den 5. februar 1958 skulle United møde Red Star Belgrade (Røde Stjerne Beograd) i Europa Cuppens kvartfinale. Red Star Belgrade skulle forsvare en føring på 2-1 fra deres første kamp i Manchester.
Efter kun 90 sekunder gjord Dennis Viollet det til 1-0 for United, og inden halvleg havde Bobby Charlton gjord det til 3-0. Men efter halvlegen kom Red Star Belgrade stærkt igen, og kampen endte 3-3, hvilket var nok til at sende United videre i Europa Cuppen.
Den 6. februar 1958, skulle Flight 609 bringe United holdet, samt dets personale, journalister og andre rejsende hjem til England. Pga. den lange afstand gjorde de stop i München, for at få tanket op. Det havde sneet kraftigt i München hvilket førte til, at Flight 609 allerede to gange havde prøvet forgæves at komme op i luften. Pga. den store mængde sne, kunne flyet ikke nå den ønskede fart.
På det tredje forsøg, lykkes det heller ikke at få fart nok på, men denne gang var det for sent at bremse, da man havde nået enden af landingsbanen med en fart på 250 k/t. En af vingerne ramte et træ lige før resten af flyet ramte et hus, som medførte at flyet satte i brand. I alt døde 23 af de 40 passager som var med Flight 609, hvoraf de 8 var spillere fra United.
På dette tidspunkt kaldte man United holdet for ”the Busby Babes”, fordi holdet var det bedste i England i lang tid takket være holdets manager Sir Matt Busby. Året før havde holdet allerede vundet ligaen med en gennemsnitsalder på kun 21 år. Sir Matt Busby blev slemt skadet efter fly styrtet, og kom først ud fra hospitalet to måneder efter. De 8 spillere der døde som følge af flystyrtet, hvoraf den ene, Duncan Edwards, døde af sine kvæstelser på hospitalet, er Roger Byrne, Liam 'Billy' Whelan, Tommy Taylor, Duncan Edwards, Mark Jones, Eddie Colman, Geoff Bent og David Pegg.
Derudover omkom klubbens sekretær Walter Crickmer samt 2 trænere, Tom Curry og Bert Whalley. To andre United spiller, Johnny Berry og Jackie Blanchflower, stoppede deres karriere pga. varig mén fra flystyrtet.
I 2008 var der 50-års dag for München katastrofen. For at ære de døde, valgte man under en Premier League kamp imellem United og City, at begge hold stillede op i spillerdragter, som man havde i 1958. Derudover var der ingen sponsor på dragterne, og man holdte et minut stilhed før kampen.
United will rise again. - Harold Hardman (formand 1951-65)
What time is the kick off against Wolves, Jimmy (Murphy)? I mustn't miss that match. - Duncan Edwards (fra sin hospitalsseng få dage inden sin død)
Blev 28 år, full back. 277 kampe, 19 mål.
Blev 25 år, full back. 12 kampe.
Blev 21 år, half back. 107 kampe, 2 mål.
Blev 22 år, forward. 148 kampe, 28 mål.
Blev 24 år, half back. 120 kampe, 1 mål.
Blev 21 år, half back. 175 kampe, 21 mål.
Blev 26 år, forward. 189 kampe, 128 mål.
Blev 22 år, forward. 96 kampe, 52 mål.
Klubsekretær.
Træner.
Træner.